La question de l'enseignement s'est toujours révélée centrale dans la recherche musicale d'Emilien Lefèvre. Sa réflexion s'est construite tout au long de son parcours d'étude, en comparant et confrontant les différentes manières et styles de ses professeurs. Le sincère désir de transmettre et d'accompagner les plus jeunes, dans le développement de leur passion musicale et de leur parcours d'études professionnelles, le conduisent tout naturellement vers la formation CA du Conservatoire de Paris. Il est l'un des rares hautboïstes de sa génération à en être ressorti diplômé. Après deux années comme professeur au conservatoire du 15eme arrondissement de Paris, il prend en 2018 la succession de Didier PATEAU au conservatoire d'Aulnay-sous-Bois. Il enseigne également aux Académies Internationales d'été de Nancy, sous la direction de Hugues LECLERC.